Гит - это система контроля версий. Каждая следующая версия - это набор diff-ов от предыдущей версии, то есть указание, в каком файле какая строка изменилась. Естественно, при первом переносе весь код переносится полностью (а как иначе?). Но при переносе изменений переносятся только изменённые строки кода. Именно строки, а не файлы.

В чём преимущество перед фтп? Допустим, сайт уже работает, но нужно добавить новое поле, которое выводится в какой-нибудь выпадайке. Делаем всё на локалке, в результате изменяем пару конфигов, файл скрипта, файл цсс и файл шаблона. Гит сам увидит, какие файлы были изменены и перенести эти изменения не составит труда. А через фтп нужно самому помнить, сколько файлов было изменено.

.gitignore