feeds проверяет по своим внутренним айдишникам, которые берутся из уникального поля в выгрузке. Обычно это артикул. Если же у вас под разными артикулами одинаковые товары, то для поиска таких дублей нужно отдельное решение. Причём крайне нежелательно проверять это во время импорта, т.к, если есть скажем тысяча товаров, то нужно будет каждый товар из тысячи сравнить с тысячей других, что очень затратно по ресурсам.

Можно сделать так, чтобы дубликат просто не создавался при импорте в feeds.
Вам нужно будет только сделать все заголовки Ваших товаров уникальными (если их нет можно это сделать из какой-то характеристикаи и артикула например, автоподстановкой в редакторе или с помощью модуля тип autonode title, вероятно, что будет лучше если в заголовке будут ключевики для индексации, но это уже смотрите по обычным Вашим SEO настройкам). Тогда если у вновь загружаемого дубликата будет такой же заголовок, Вы сможет идентифицировать эти ноды как дубликаты средствами feeds (если это будут ноды, то в настройкаих вашего импортера нод нужно будет выбрать update existing nodes, потом в соответсвтиях для поля заголовка щелкнуть на шестеренку и выбрать uniq). При импорте, если у Вас есть дубликат или даже что-то обновилось при новой загрузке, то это можно будет дописать к уже ранее сущестовашей информации об экземпляре.