Столкнулся с такой проблемой, есть сайт с подключенной в шапке html+javascript анимацией, на локальном сервере работает все нормально, но как только переношу на хостинг сразу начинаются проблемы. Шапка сайта отваливается, а ее место полностью заполняет дублирующиеся админ панель(если я залогинен, если нет то просто белый фон), страница бесконечно грузится и вешает браузер, в логах Drupal-a пишет "page not found".
С подобной проблемой сталкивался и раньше, решалось простым отключением "чистых ссылок", здесь-же они даже не включены.