Решение оказалось простейшее, но я просто никогда на практике не встречался с этой командой ранее, поэтому пришлось долго разбираться в чем дело.

Задача:
Запустить Друпал на уровне базы данных ( drupal_bootstrap(DRUPAL_BOOTSTRAP_DATABASE) ) для выполнения каких либо сервисных действий с базой скриптом из поддиректории.