Модуль Color сохраняет изменённую копию файла стилей темы в системной папке и в дальнейшем для стилевого оформления сайта используется именно эта копия. Это означает, что если вы внесёте изменения в файл стилей темы, то вам будет нужно сохранить цветовую схему заново, чтобы модуль перезаписал копию файла в системной папке.