Для создания резервных копий на удалённом сервере отлично подходит утилита rdiff-backup, у которой есть пара важных достоинств:

• Она работает не только в Linux, FreeBSD и MacOS, но и в Windows;
• Можно получить состояние сайта на любую дату.

Прочесть подробную инструкцию по использованию.

Ставится она как
yum install rdiff-backup

Единственное, что базы данных надо предварительно скопировать через mysqlhotcopy в отдельную папку, чтобы гарантировать их непротиворечивое состояние, и после их обработки эти копии удалить.

По крайней мере, так сейчас устроено у меня.