Немного помучилась с этим вопросом, поэтому хочу сохранить решение для тех, кому это пригодится.

1. Подключить модуль Taxes
2. Создать новый тип комиссии admin/commerce/config/taxes/types/add
3. Создать ставку комиссии, соединив ее с типом комиссии admin/commerce/config/taxes/rates/add

В моем случае
Rate: 0.04
Type: Paypal commission

4. В правилах цен на товары найти правило связанное с нашим типом комиссии admin/commerce/config/product-pricing

В моем случае
Calculate taxes: Paypal commission

edit

5. Events - Calculating the sell price of a product - ничего не менять
6. Conditions - добавить Data Selector commerce-line-item:order

У меня при прямом вводе этот селектор не принимался. Попробуйте сделать это выбором

7. Actions - Data selector commerce-line-item
Value - PayPal commission

8. Нужно поменять местами панели в настройках оформления заказа
admin/commerce/config/checkout

Payment перенести в Checkout
Shopping cart contents перенести в Review

9. Тестируем!