Было бы конечно здорово, но как я понимаю это невозможно.
Однако спрошу на всякий случай, может посредством каких то дополнительных модулей.
То есть
сайт1 имеет типы материала - {A,B,C,D}
сайт2 имеет типы материала - {A,B,E,G}
где A,B - общие типы материалов (и сами материалы общие)
а C,D - только в сайт1 и E,G - только в сайт2

Никто не пробовал это реализовать? Вообще это теоретически возможно?